Na světě existuje mnoho pozůstatků starodávných staveb a spousta z nich ještě čekají na své objevení. V roce 1985 se o jedno objevení postaral instruktor potápění Kichačiro Aratake. 

Potápěč si v hloubce 15 metrů všiml velké kamenné plošiny složené z desek, které pokrývaly ornamenty v podobě obdélníků a kosočtverců. O svém objevu informoval profesora Masaki Kimuru, specialistu na mořskou geologii a seismologii.

Podle něj se jedná o gigantický komplex budov, který zahrnuje hrady, monumenty a dokonce i stadion, které jsou navzájem propojené systémem silnic a cest. Kimura našel dokonce tunely, schodiště, a dokonce i bazén.

Stavby připomínají Stonehenge v Anglii, pyramidy v Egyptě, Mexiku a Machu Picchu, se kterým mají společné terasy a záhadné zobrazení připomínající lidskou hlavu s péřovou čelenkou. Dokonce i technologie podvodních staveb se podobají inckým městům.

To by odpovídalo současným představám, že starověcí obyvatelé Ameriky, přišli z Asie.

Průzkumy ale ukázaly, že skála, do které je Jonaguni vytesáno, byla zatopena před 10 000 lety, tudíž dříve než pyramidy. To by znamenalo, že tehdejší lidé měli výborné znalosti opracování kamene, museli mít příslušné nástroje a ještě ovládat geometrii.

Proto vědci dávají přednost verzi, že je místo dílem přírodních sil. V okolí ostrova Jonaguni došlo v roce 1771 k největšímu tsunami, vlny dosahovaly až do výšky 40 metrů a zemřelo tehdy 13 486 lidí.

Je tedy možné, že podobná katastrofa zahubila i dávnou civilizaci. Jednou z ruin je i polokruhový výřez ve skalní desce, který odpovídá vchodu do hradu na pevnice. Další dva podvodní megality se shodují s megality v jiných částech Japonska.