V chrámu se právě slouží mše svatá, když kněz Pius před sebou náhle spatří zjevení. Osoba s kopím a krvácejícími ranami na rukou a na nohou jej náhle probodne a zmizí.

Duchovnímu po její návštěvě zůstávají na rukou, nohou a boku takzvaná stigmata, tedy rány, které Ježíš utrpěl na kříži. Pius se rozhodne napsat svým nadřízeným, bolestivé rány totiž nemizí a denně krvácejí, aniž by se hojily. Zpráva o zázraku se rychle šíří i mezi místními věřícími.

Reakce církve na rozruch kolem otce Pia byla mimořádně chladná. Vatikán v roce 1919 přikázal věc vyšetřit a kněz nesměl sloužit mše na veřejnosti. Otec Pius prošel opakovaným a podrobným vyšetřením u třech různých lékařů.

Všichni se shodli, že původ ran nelze vysvětlit a nelze je určit podle žádného známého klinického zatřídění. Krvácející rány měl Pius po celých 50 let, stigmata zmizela až krátce před jeho smrtí, když měl 80 let.

Uznání ze strany církve se Pius dočkal až v roce 1999 a o tři roky později jej papež Jan Pavel II. prohlásil za svatého.

Pravost Piových stigmat však zpochybnil historik Sergio Luccato. Tvrdí, že si je duchovní mohl způsobit sám pomocí kyseliny.

Ve vatikánském archivu prý objevil svědectví lékárnice, která tvrdí, že po ní kněz chtěl, aby mu tajně přinesla čistou kyselinu karbolovou. Církev jeho nařčení ignorovala.