Na dvoře Rudolfa II. se magie neprovozuje jen jako filozofie, ale jako konkrétní experimentální praxe. Dochované zprávy, korespondence i pozdější svědectví popisují několik typů pokusů, které se v Praze skutečně odehrávají.
V hradních i měšťanských laboratořích se v 16. století a na počátku 17. století opakovaně provádějí pokusy o přeměnu neušlechtilých kovů ve zlato.
Alchymisté pracují s olovem, rtutí a sírou, které zahřívají v athanorech (alchymických pecích) při přesně načasovaných cyklech. Používají destilaci, sublimaci i kalcinaci. Zvláštní důraz kladou na tzv.
rudolfínskou tinkturu, látku, jež má být mezistupněm ke kameni mudrců. Edward Kelley tvrdí, že transmutaci dokáže skutečně provést, a při dvorních demonstracích má údajně měnit malé množství kovu ve zlato.
Současní historici se shodují, že šlo pravděpodobně o chemický trik, ale Rudolf pokusům dlouho věří a financuje je.

Výroba elixíru života
Další oblastí jsou iatrochemické pokusy, tedy spojení alchymie a medicíny. Alchymisté destilují byliny, minerály i živočišné látky ve snaze vytvořit elixír prodlužující život. Používají alkohol jako rozpouštědlo, opakované destilace a macerace.
Vznikají léčivé tinktury, oleje a prášky, z nichž některé mají reálný farmakologický účinek (např. dezinfekční nebo projímavý), jiné jsou spíše nebezpečné, a to zejména kvůli obsahu rtuti.
Rudolf tyto přípravky skutečně užívá, což podle lékařů může zhoršovat jeho psychický stav.

Magicko-astrologické experimenty
Vedle chemických pokusů probíhají experimenty astrologické a magické. Astrologové sestavují extrémně přesné horoskopy císaře a testují, zda rozhodnutí učiněná v „příznivých konstelacích“ mají lepší výsledek. John Dee a Edward Kelley se pokoušejí o tzv.
andělskou komunikaci – rituály se skleněnou koulí nebo černým obsidiánovým zrcadlem, při nichž má médium (Kelley) zapisovat sdělení bytostí z jiných sfér v tzv. enošském jazyce.
Rudolf sice rituálům osobně nepřihlíží, ale vyžaduje podrobné zápisy a výsledky pečlivě archivuje. Tyto pokusy dnes nepůsobí jako věda v moderním smyslu, ale ve své době představují vážně míněné experimenty na hraně magie, chemie a astronomie.
Právě tato směs dělá z rudolfínské Prahy jedinečné místo, kde se rodí nejen legendy, ale i zárodky moderního přírodovědného myšlení.